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bio-clip-seq-ago-clip-mirna-targets

Design e Frontend Autor: bg-szy

Identify direct miRNA-target interactions from AGO HITS-CLIP, AGO-CLEAR-CLIP (chimeric reads), HEAP (Halo-Ago2 mouse), chimeric eCLIP / miR-eCLIP (deep miRNA-target profiling), or CLASH using chimeric-read processing pipelines, seed-pairing analysis, and 3' auxiliary pairing rules. Use when distinguishing direct miRNA targets from indirect, integrating CLIP-derived target maps with TargetScan / mi

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: eCLIP pipeline (Yeo lab), chimeric eCLIP analysis scripts (Manakov 2022), HEAP pipeline (Li 2020), Hyb pipeline (Travis 2014), TargetScanHuman 8.0, miRDB 6.0, samtools 1.19+, bedtools 2.31+, pyHyb 0.4+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code thro

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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