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bio-clip-seq-clip-alignment

Align preprocessed CLIP-seq reads (eCLIP, iCLIP, iCLIP2, PAR-CLIP) to genome with STAR or bowtie2 using crosslink-preserving parameters, choosing between unique-mapper-only and multi-mapper-aware alignment for repeat-binding RBPs, deciding STAR vs HISAT2 memory trade-offs, and applying ENCODE-compatible filters. Use when turning preprocessed CLIP FASTQ into a deduplicated, MAPQ-filtered BAM ready

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/bio-clip-seq-clip-alignment-bg-szy/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/bio-clip-seq-clip-alignment-bg-szy)

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Version Compatibility

Reference examples tested with: STAR 2.7.11b+, bowtie2 2.5.3+, HISAT2 2.2.1+, samtools 1.19+, CLAM 1.2+, umi_tools 1.1.5+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws unexpected errors, introspect the installed binary (<tool> -h) and adapt the example to match the actual CLI rather than retrying.

CLIP-seq Alignment

**"Align preprocessed CLIP reads

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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