bio-clip-seq-clip-preprocessing

Name: bio-clip-seq-clip-preprocessing
Author: bg-szy

Marketing

Autor: bg-szy

Preprocess CLIP-seq reads (eCLIP, iCLIP, iCLIP2, iCLIP3, irCLIP, PAR-CLIP, FLASH) with protocol-specific UMI extraction, adapter trimming, length filtering, and post-alignment PCR-duplicate collapse. Use when raw CLIP FASTQ must be turned into deduplicated, crosslink-preserving BAM input for peak calling; choosing between two-pass and single-pass adapter trimming; deciding minimum read length; or

2estrelas

Atualizado há 4 meses

Ver no GitHub ↗

Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

Para o autor da skill

Cole no README do seu repo

Mostra que sua skill está catalogada na Skillteca, gera backlink e tráfego rastreável.

[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/bio-clip-seq-clip-preprocessing-bg-szy/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/bio-clip-seq-clip-preprocessing-bg-szy)

Skills relacionadas

Ver todas de Marketing →

learn-codebase

83.4k

Prepare uma base de código lendo todos os arquivos fonte na íntegra. Use ao iniciar um projeto novo ou desconhecido, ou quando o usuário solicitar para "aprender a base de código", "ler a base de código", "preparar" ou "se atualizar".

Marketing #ai por thedotmack

remove-deadcode

63k

Remove código não utilizado deste projeto com modo ultrawork, segurança verificada por LSP e commits atômicos. Gatilhos: remover código morto, limpeza, remover não utilizado.

Marketing por code-yeongyu

growth-engine

41.2k

Motor de crescimento para produtos digitais, abrangendo growth hacking, SEO, ASO, viral loops, email marketing, CRM, programas de indicação e aquisição orgânica.

Marketing #ai #git por sickn33

social-post-writer-seo

41.2k

Social Media Strategist and Content Writer. Creates clear, engaging social media posts for Instagram, LinkedIn, and Facebook.

Marketing #git #github por sickn33

Alerta por categoria

Receba novas skills de Marketing toda segunda

1 email curto, só com as skills novas de Marketing. 4 minutos de leitura, sem spam, cancela com 1 clique.

Você confirma o email no primeiro envio. Sem spam. Cancela com 1 clique.

Ler descrição completa

Version Compatibility

Reference examples tested with: umi_tools 1.1.5+, cutadapt 4.6+, fastp 0.23.4+, samtools 1.19+, pysam 0.22+, picard 3.1+, preseq 3.2+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

Compartilhar X LinkedIn