bio-comparative-genomics-ancestral-reconstruction

Name: bio-comparative-genomics-ancestral-reconstruction
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Reconstruct ancestral states at internal phylogenetic nodes for sequences (PAML codeml, IQ-TREE --ancestral, GRASP, FastML), discrete traits (corHMM hidden-rate Markov, ape::ace, phytools::make.simmap stochastic mapping, BayesTraits), and continuous traits (phytools::fastAnc, geiger Brownian/OU, RPANDA). Use when designing constructs for ancestral protein resurrection, tracing trait evolution alon

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Reference examples tested with: PAML 4.10.7+, IQ-TREE 2.3.6+, GRASP 2024+ (web/CLI), FastML 3.11+, RevBayes 1.2.4+, BayesTraits V4.1+, R 4.4+, ape 5.8+, phytools 2.3+, corHMM 2.9+, geiger 2.0.11+, phangorn 2.12+, RERconverge 0.3.0+, BioPython 1.84+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('corHMM') then ?ancRECON, ?make.simmap, ?ace
CLI: codeml (no --version; check paml -h or examine `Phylip.t

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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