bio-comparative-genomics-pangenome-analysis

Name: bio-comparative-genomics-pangenome-analysis
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Build and analyze pangenomes for prokaryotes (Panaroo, PPanGGOLiN, PEPPAN, GET_HOMOLOGUES, anvi'o pangenomics) and eukaryotes (Minigraph-Cactus, PGGB, vg pangenome graphs). Implement Tettelin core/accessory/cloud genome decomposition (Tettelin 2005), Heap's law open/closed pangenome modeling, gene presence/absence GWAS (Scoary, pyseer), pangenome graph variant calling (vg, PanGenie), and structura

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Reference examples tested with: Panaroo 1.5.1+ (Tonkin-Hill 2020 Genome Biol 21:180), PPanGGOLiN 2.2.0+ (Gautreau 2020 PLoS Comp Biol 16:e1007732), PEPPAN 1.0.5+ (Zhou 2020 GR 30:1667), GET_HOMOLOGUES 25102023+, anvi'o 8.0+ (Eren 2021 Nat Microbiol 6:3), Minigraph-Cactus (Hickey 2024 Nat Biotech 42:663; bundled with Cactus 2.5+), PGGB 0.7.5+ (Garrison 2024 Nat Methods 21:2008), vg 1.59.0+ (Sirén et al 2024 NAR Genom Bioinform 6:lqae001), PanGenie 3.1.0+ (Ebler 2022 Nat

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