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bio-comparative-genomics-synteny-analysis

Dados e Análise Autor: bg-szy

Detect syntenic blocks and structural rearrangements between genomes using MCScanX (Wang 2012), JCVI/MCScan (Tang 2008 Python), GENESPACE (Lovell 2022) for orthology-anchored riparian visualization, SyRI for structural variation, AnchorWave for sequence-level synteny, i-ADHoRe 3.0 for highly diverged species, SynNet for synteny networks, and ntSynt for multi-genome macrosynteny. Use when identifyi

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: MCScanX 1.0+ (wyp1125/MCScanX commit 2020+), JCVI 1.4.21+ (Python port of MCScan), GENESPACE 1.4.0+ (Lovell 2022 eLife 78526), SyRI 1.7.1+ (Goel 2019 Genome Biol 20:277), plotsr 1.1.1+, AnchorWave 1.2.5+ (Song 2022 PNAS 119:e2113075119), i-ADHoRe 3.0.01+, SynNet (Zhao 2017 NAR 45:e108), ntSynt 1.0.4+ (2023), minimap2 2.28+, MUMmer 4.0.0+, OrthoFinder 3.0+, R 4.4+. plotsr requires pysam 0.22+ and seaborn 0.13+.

Before using code patterns,

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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