bio-comparative-genomics-whole-genome-alignment

Name: bio-comparative-genomics-whole-genome-alignment
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Build whole-genome alignments using Progressive Cactus (Armstrong 2020 reference-free clade-level WGA), Minigraph-Cactus (Hickey 2024 pangenome-aware), LASTZ chain/net (UCSC pipeline), MUMmer4 (Marçais 2018 pairwise), minimap2 -x asm5/10/20 (Li 2018 fast pairwise), AnchorWave (Song 2022 WGD-aware), and Mauve / progressiveMauve (bacterial). Operates the HAL toolkit (Hickey 2013) for downstream extr

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Reference examples tested with: Progressive Cactus 2.9.1+ (ComparativeGenomicsToolkit/cactus; Armstrong 2020 Nature 587:246), Minigraph-Cactus (Hickey 2024 Nat Biotech 42:663; bundled with Cactus 2.5+), HAL toolkit 2.3+ (Hickey 2013 Bioinformatics 29:1341), LASTZ 1.04.22+, UCSC kentUtils for chain/net (Kent 2003 PNAS 100:11484), MUMmer 4.0.0+, minimap2 2.28+, AnchorWave 1.2.5+, progressiveMauve 2.4.0+, sibeliaz 1.2.5+, winnowmap 2.03+ (Jain 2022 Nat Methods 19:705). Toi

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