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bio-conformer-generation

Generates 3D conformer ensembles using RDKit ETKDGv3 with knowledge-enhanced distance geometry, MMFF94/UFF force-field optimization, CREST + GFN2-xTB semi-empirical refinement, and macrocycle-aware torsion preferences. Provides explicit decision rules for single vs ensemble conformer use, RMSD pruning, energy windows, conformer count, and force-field choice. Use when preparing 3D ligands for docki

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: RDKit 2024.09+, xtb 6.7+, CREST 3.0+, OpenMM 8.1+ for follow-up MD.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • CLI: xtb --version; crest --version

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Conform

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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