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bio-copy-number-allele-specific-copy-number

Escrita e Conteúdo Autor: bg-szy

Infer integer allele-specific copy number, tumor purity, and ploidy from tumor sequencing by jointly modeling read depth (logR) and B-allele frequency (BAF) with ASCAT, Sequenza, FACETS, PURPLE, and PureCN (tumor-only). Covers the purity-ploidy identifiability problem, the diploid-baseline (dipLogR) anchor, major/minor copy number, loss of heterozygosity, sunrise/contour fit diagnostics, and recon

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: ASCAT 3.1+, Sequenza 3.0+ (sequenza-utils 3.0+), FACETS 0.6+ (snp-pileup), PureCN 2.6+, R 4.3+, Python 3.10+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • R: packageVersion('ASCAT') / 'sequenza' / 'facets' / 'PureCN', then ?function
  • CLI: sequenza-utils --version, snp-pileup --help

Sequenza 3.0 depends on the copynumber Bioconductor package, REMOVED from Bioconductor 3.18+ (2023). I

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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