bio-copy-number-cnv-visualization

Name: bio-copy-number-cnv-visualization
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Visualize copy number profiles, segments, allele-specific tracks, and cohort patterns from CNVkit, GATK, ASCAT, FACETS, Sequenza, and other callers. Covers genome-wide and per-chromosome log2 scatter plots, B-allele-frequency/minor-allele-fraction tracks, ideograms, cohort heatmaps, circos views, and caller-native plots. Use when creating publication CNV figures, choosing which plot answers a give

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Version Compatibility

Reference examples tested with: matplotlib 3.8+, pandas 2.2+, numpy 1.26+, seaborn 0.13+, CNVkit 0.9.10+, GATK 4.5+; R 4.3+ with ggplot2 3.5+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show matplotlib pandas then help(function) for signatures
R: packageVersion('ggplot2') then ?function_name
CLI: cnvkit.py version, gatk --version

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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