bio-copy-number-cnvkit-analysis

Name: bio-copy-number-cnvkit-analysis
Author: bg-szy

Escrita e Conteúdo

Autor: bg-szy

Detect somatic and germline copy number variants from targeted, exome, and whole-genome sequencing with CNVkit, a read-depth caller that combines on-target and off-target (antitarget) coverage. Covers panel-of-normals construction, flat-reference tumor-only calling, hybrid/amplicon/WGS modes, CBS vs HMM segmentation selection, purity-aware integer calling, and reconciliation against GATK and allel

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: CNVkit 0.9.10+, samtools 1.19+, bedtools 2.31+, Python 3.10+, R 4.3+ with DNAcopy 1.76+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: cnvkit.py version then cnvkit.py batch --help to confirm flags
Python: pip show cnvkit then python -c "import cnvlib; help(cnvlib.read)"
R: packageVersion('DNAcopy') (CBS backend)

If a command throws an unrecognized-argument or AttributeError, intro

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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