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bio-copy-number-germline-cnv-interpretation

Classify constitutional (germline) copy number variants for clinical reporting using the 2019 ACMG/ClinGen technical standards points-based framework, with ClassifyCNV and AnnotSV for semi-automated scoring. Covers the separate copy-number-loss and copy-number-gain rubrics, the five-tier classification, ClinGen haploinsufficiency/triplosensitivity and dosage-sensitive regions, de novo and segregat

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Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Version Compatibility

Reference examples tested with: ClassifyCNV 1.1+, AnnotSV 3.4+, Python 3.10+ with pandas 2.2+; bedtools 2.31+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: python ClassifyCNV.py --help, AnnotSV --version
  • Update the bundled ClinGen/dosage databases — ClassifyCNV ships an update_clingen.sh; dosage curation changes, and a stale database silently mis-scores.

This skill is for constitutional/germline CNVs only. Somatic

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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