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bio-copy-number-hrd-scoring

Quantify homologous recombination deficiency (HRD) from tumor copy number using the three genomic-scar metrics — loss of heterozygosity (LOH), large-scale state transitions (LST), and telomeric allelic imbalance (TAI) — with scarHRD, and via the whole-genome HRDetect and CHORD models. Covers the genomic instability score, the PARP-inhibitor clinical context, whole-genome-doubling correction, and t

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Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Version Compatibility

Reference examples tested with: R 4.3+ with scarHRD 0.1.1+, sequenza 3.0+ (allele-specific input); HRDetect / CHORD as their respective R packages where whole-genome data is available.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • R: packageVersion('scarHRD') then ?scar_score to confirm arguments
  • scarHRD is GitHub-only (sztup/scarHRD); install with remotes::install_github

scarHRD consumes allele-specific copy number — a S

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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