bio-copy-number-subclonal-copy-number

Name: bio-copy-number-subclonal-copy-number
Author: bg-szy

Escrita e Conteúdo

Autor: bg-szy

Resolve subclonal copy number, whole-genome doubling, and copy-number tumor evolution from bulk sequencing with Battenberg, TITAN, and MEDICC2. Covers clonal versus subclonal copy-number states, haplotype phasing for subclonal resolution, cancer cell fraction, whole-genome-doubling detection and timing relative to mutations, mirrored subclonal allelic imbalance, and copy-number phylogenies. Use wh

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Version Compatibility

Reference examples tested with: R 4.3+ with Battenberg 2.2.10+ and TitanCNA 1.40+, MEDICC2 1.0+, Python 3.10+; impute2/Beagle phasing reference panels.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('Battenberg') / 'TitanCNA') then ?function
CLI: medicc2 --help
Battenberg is GitHub-only (Wedge-lab/battenberg) and needs a 1000 Genomes impute/phasing reference and allele-counter; confirm reference data i

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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