bio-core-biological-databases

Name: bio-core-biological-databases
Author: Pavel-Kravchenko

Dados e Análise

Autor: Pavel-Kravchenko

Acesso programático a NCBI (Entrez), UniProt, GEO e SRA, abordando tipos de acesso, padrões de API, limites de taxa e ligação entre bancos de dados usando BioPython.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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#ai #api #python

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Biological Databases

Database Selector

| Need | Database | Preferred subset | |------|----------|-----------------| | Gene info + orthologs | NCBI Gene | — | | mRNA/protein sequence | NCBI Nucleotide / Protein | RefSeq (NM_, NP_, NC_) | | Protein function/structure | UniProt | SwissProt (reviewed:true) | | Raw sequencing reads | SRA | SRR accession | | Processed expression data | GEO | GSE (series), GSM (sample) | | Literature | PubMed | — |

NCBI Accession Prefixes

| Prefix |

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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