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bio-core-biopython-essentials

Fundamentos do BioPython: objetos Seq/SeqRecord, I/O de arquivos SeqIO, API Entrez e alinhamento pareado com PairwiseAligner.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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BioPython Essentials

Pitfalls

  • Seq vs str: Seq behaves like a string (slicing, len(), iteration) but adds .complement(), .reverse_complement(), .transcribe(), .translate(). In BioPython >=1.79, Seq and str interoperate freely. Pre-1.79 required explicit str() conversion.
  • translate() stop codons: dna.translate() represents stops as . Use dna.translate(to_stop=True) to stop at the first stop and omit — always use this for CDS protein extraction.
  • *

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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