bio-core-chromatogram-analysis

Name: bio-core-chromatogram-analysis
Author: Pavel-Kravchenko

Dados e Análise

Autor: Pavel-Kravchenko

Análise de cromatogramas de sequenciamento Sanger, incluindo leitura de arquivos .ab1 com BioPython, pontuações de qualidade Phred, visualização de traços e corte baseado na qualidade.

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Atualizado há 6 meses

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#ai #python

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Chromatogram Analysis: Sanger Sequencing

Phred Quality Score Reference

| Q Score | Error Probability | Accuracy | Interpretation | |:-------:|:-----------------:|:--------:|---------------| | 10 | 1/10 | 90% | Poor — avoid | | 20 | 1/100 | 99% | Minimum acceptable | | 30 | 1/1,000 | 99.9% | High confidence | | 40 | 1/10,000 | 99.99% | Excellent |

Formula: Q = -10 × log₁₀(P_error)

Practical thresholds: Q<20 = trim/re-sequence; Q20-29 = acceptable; Q≥30 = high confidence.

Sanger Read

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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