bio-core-domains

Name: bio-core-domains
Author: Pavel-Kravchenko

Escrita e Conteúdo

Autor: Pavel-Kravchenko

Explora motivos de sequência e domínios de proteína, abrangendo a construção e varredura de PWM, conteúdo de informação, logos de sequência, padrões PROSITE e conceitos de Pfam/HMMER.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Sequence Motifs and Protein Domains

Key Concepts

Motif: short functional pattern (<20 aa), does not fold independently (e.g. NLS, phosphorylation site)
Domain: structurally independent unit (50–300 aa), folds on its own, recurs across proteins (e.g. SH2, kinase domain)
Profile HMM (Pfam): represents a domain family with match, insert, and delete states; scores in bits vs null model

PWM Construction and Scanning

import numpy as np
import re

BASES = ['A', '

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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