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bio-core-hic-analysis

Análise Hi-C: Organização 3D do Genoma com Matplotlib.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Hi-C Analysis: 3D Genome Organization

  1. Load and inspect Hi-C contact matrices in cooler format
  2. Visualize contact matrices and identify TADs visually
  3. Compute the P(s) contact decay curve for quality assessment
  4. Detect A/B compartments by eigenvector decomposition
  5. Calculate insulation scores for TAD boundary calling
  6. Build aggregate pileup plots for weak signal detection

Tools covered: cooler, cooltools, numpy, pandas, matplotlib

Complicated moments explained

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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