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bio-core-motif-discovery

Construção, pontuação, seleção de limiar e varredura de motivos PWM para sítios de ligação de fatores de transcrição.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Motif Discovery

Pitfalls

  • PFM -> PPM -> PWM pipeline: PFM = raw counts; PPM = frequencies (add pseudocount first); PWM = log2(PPM/background). Only PWM is suitable for scoring.
  • Pseudocount choice: Too small -> log(0) = -inf; too large -> drowns signal. Common: 0.1-0.5 or sqrt(N)/N.
  • Background model: Equal (0.25) is simplest; dinucleotide Markov model is better for GC-rich genomes.
  • MEME EM: Converges to local optimum. Run multiple times or use STREME for large datase

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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