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bio-core-pathways

Enriquecimento de Gene Ontology e vias, incluindo estrutura GO, teste hipergeométrico/Fisher, ORA vs GSEA, FDR de Benjamini-Hochberg e padrões de API KEGG/Reactome.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Gene Ontology and Pathway Analysis

Pitfalls

  • KEGG is dynamic: Pathways are manually curated and updated. A gene list from 2020 may classify differently in 2024. Always note the KEGG release date.
  • ORA vs GSEA: ORA requires a binary gene list (arbitrary threshold). GSEA uses a continuous ranking (fold change, -log10 p-value) and is more powerful — no threshold needed. For GSEA, the "leading edge" subset is the core signal.
  • True path rule: GO annotations must be propagated t

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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