Análise da estrutura de proteínas utilizando Bio.PDB do BioPython, incluindo hierarquia SMCRA, cálculos de distância/RMSD e atribuição de estrutura secundária DSSP.
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Protein Structure Analysis
Pitfalls
PDB uses fixed-width columns, not whitespace: ATOM records are column-delimited (name cols 13-16, chain col 22, resseq 23-26, x/y/z 31-54). Never use .split() to parse ATOM lines — use column slicing or BioPython.
SMCRA hierarchy: Structure → Model → Chain → Residue → Atom. X-ray = one model (index 0); NMR = multiple models (each is a conformer). Residue IDs are tuples (hetflag, resseq, icode): (' ', 10, ' ') for standard residues, `('
[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
