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bio-covalent-design

Design e Frontend Autor: bg-szy

Designs covalent inhibitors and warheads targeting cysteine (most common, 98% of covalent drugs), lysine, serine, threonine, tyrosine, and aspartate residues, with explicit handling of warhead reactivity (acrylamide, chloroacetamide, vinyl sulfone, sulfonyl fluoride, fluorosulfate, aldehyde, boronate, nitrile), reversibility (kinact/Ki, t_residence), glutathione (GSH) stability, intrinsic reactivi

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: RDKit 2024.09+, OpenEye / AutoDock Vina 1.2+ (for covalent extensions), GOLD (commercial), DOCKovalent (web service), HCovDock 1.0+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show rdkit then help(rdkit.Chem) to check signatures
  • CLI: check version output of each docking tool

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the e

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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