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bio-crispr-screens-base-editing-analysis

Design e Frontend Autor: bg-szy

Analyzes base-editing screens for variant function. Covers library design (Sanson 2020 GRACE, Hanna 2021 BRCA1/2 SNV scanning, Cuella-Martin 2021), CBE vs ABE chemistry choice (BE3/BE4 vs ABE7.10/ABE8.20/ABE8e), editing-window math (positions 4-8 from PAM-distal end, wider for ABE8e), bystander-edit quantification and the variant-call ambiguity it creates, sgRNA-efficiency filtering before hit cal

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Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: CRISPResso2 2.2.14+, BE-Hive 1.0+ (BE prediction), pandas 2.2+, biopython 1.83+, numpy 1.26+, scipy 1.12+, scikit-learn 1.4+, Broad be-validation-pipeline 1.0+ (Python).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: CRISPResso --version; be-validation-pipeline --help
  • Python: pip show CRISPResso2 be-hive

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed pa

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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