bio-crispr-screens-combinatorial-screens

Name: bio-crispr-screens-combinatorial-screens
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Designs and analyzes combinatorial CRISPR screens covering paired-Cas9 (Big Papi, Najm 2018), enhanced AsCas12a multiplex (enCas12a, DeWeirdt 2021), in4mer 4-guide-array Cas12a (Esmaeili Anvar N et al 2024 Nat Commun 15:3577) and the Inzolia paralog-pair library, paralog-buffering detection (Dede 2020 Genome Biol; Thompson 2021 Cell Reports 36:109597), genetic-interaction (GI) scoring as observed_

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Reference examples tested with: MAGeCK 0.5.9+ (for MLE with interaction terms), Inzolia library annotation (Bayle 2024), pandas 2.2+, numpy 1.26+, scipy 1.12+, matplotlib 3.8+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: mageck --version; mageck mle --help
For Cas12a libraries: verify against published Inzolia / in4mer / Big Papi annotations

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the insta

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