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bio-crispr-screens-copy-number-correction

Design e Frontend Autor: bg-szy

Corrects the gene-independent copy-number artifact in CRISPR-Cas9 screens (Aguirre 2016 / Munoz 2016 Cancer Discov) where amplified loci appear essential from DNA-damage burden of simultaneous cuts. Covers the p53-dependent G2-arrest mechanism, CRISPRcleanR (Iorio 2018) unsupervised pre-hoc correction, CERES (Meyers 2017) joint CN + gene-effect model, Chronos (Dempster 2021) DepMap-standard popula

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: CRISPRcleanR 3.0+ (R/Bioconductor), Chronos 2.0+ (https://github.com/broadinstitute/chronos), CERES (legacy, superseded by Chronos), pandas 2.2+, numpy 1.26+, scipy 1.12+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • R: packageVersion('CRISPRcleanR'); ?ccr.CleanCN
  • Python: pip show chronos-cn; chronos --help

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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