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bio-crispr-screens-drugz-chemogenomic

Design e Frontend Autor: bg-szy

Analyzes CRISPR drug-modifier (chemogenomic) screens with drugZ (Li & Hart 2019 Genome Med), a bidirectional Z-score method that identifies synthetic-lethal sensitizing genes and resistance-conferring suppressor genes from vehicle vs drug comparisons. Covers vehicle-anchored design (not Day-0), the bidirectional Z math giving 2-3x sensitivity over MAGeCK / STARS / edgeR / RIGER on drug screens, pe

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Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: drugZ Aug-2019+ (hart-lab/drugz; Python 3.6+), MAGeCK 0.5.9+, pandas 2.2+, numpy 1.26+, scipy 1.12+, statsmodels 0.14+, matplotlib 3.8+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: drugz --version; python drugz.py --help
  • GitHub: install via git clone https://github.com/hart-lab/drugz

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt th

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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