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bio-crispr-screens-library-design

Design e Frontend Autor: bg-szy

Designs pooled sgRNA libraries for CRISPR knockout, interference (CRISPRi), activation (CRISPRa), Cas12a multiplex, base-editor, and prime-editor screens. Covers on-target scoring (Rule Set 2, Azimuth, DeepSpCas9, CRISPRon), off-target scoring (CFD, MIT), TSS-relative positioning for CRISPRi/a (Horlbeck, Dolcetto, Calabrese), PAM-variant chemistries, control-guide composition, oligo cloning archit

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: CRISPOR 5.01+, BioPython 1.83+, pandas 2.2+, numpy 1.26+, Azimuth 2.0+ (Doench 2016), CRISPRon 1.0+ (Xiang 2021), DeepSpCas9 1.0+ (Kim 2019).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show crispor then help(...) to check signatures
  • CLI: crispor.py --help, azimuth --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed packag

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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