bio-crispr-screens-mageck-analysis

Name: bio-crispr-screens-mageck-analysis
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Analyzes pooled CRISPR screens with MAGeCK (Li et al 2014), covering count generation (mageck count), the RRA two-condition workflow (mageck test using alpha-RRA over per-sgRNA negative-binomial p-values), the MLE multi-condition workflow (mageck mle with explicit design matrix and beta-score output), normalization choice (median vs total vs control-sgRNA vs spike-in), sgRNA efficiency injection,

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Version Compatibility

Reference examples tested with: MAGeCK 0.5.9+, MAGeCKFlute 2.0+ (R/Bioconductor), MAGeCK-VISPR 0.5.6+, pandas 2.2+, numpy 1.26+, matplotlib 3.8+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: mageck --version, mageck count --help, mageck test --help, mageck mle --help
R: packageVersion('MAGeCKFlute'), ?FluteRRA, ?FluteMLE

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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