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bio-crispr-screens-perturb-seq-analysis

Design e Frontend Autor: bg-szy

Analyzes single-cell pooled CRISPR screens (Perturb-seq, CROP-seq, Perturb-CITE-seq, ECCITE-seq, multiome) where each cell carries an sgRNA and a scRNA-seq / surface-protein / chromatin readout. Covers experimental design (direct-capture Perturb-seq Dixit 2016 vs CROP-seq 3'UTR-barcoded Datlinger 2017 vs ECCITE-seq vs Multiome), MOI for sgRNA assignment, escaper-cell filtering (Mixscape, Papalexi

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: Pertpy 0.6+, SCEPTRE 0.10+ (R / katsevich-lab/sceptre), Mixscape via Seurat 4.3+ or Pertpy, scanpy 1.10+, anndata 0.10+, pandas 2.2+, numpy 1.26+, scipy 1.12+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show pertpy scanpy anndata
  • R: packageVersion('sceptre'); ?sceptre; ?Seurat::PrepLDA

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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