bio-crispr-screens-prime-editing-screens

Name: bio-crispr-screens-prime-editing-screens
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Designs and analyzes pooled prime-editor (PE) screens for installing precise genetic variants without bystander confounding. Covers pegRNA design with PRIDICT and PRIDICT2 (Mathis 2023/2024) for predicting per-pegRNA editing efficiency, pegRNA architecture (spacer + scaffold + PBS + RTT), PE2 / PE3 / PE3b / PEmax / PEAR variants, MOSAIC in situ saturation mutagenesis (Hsu JY et al 2024 bioRxiv), t

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Version Compatibility

Reference examples tested with: PRIDICT2 v1.0+ (https://github.com/uzh-dqbm-cmi/PRIDICT2), CRISPResso2 2.2.14+, pandas 2.2+, biopython 1.83+, numpy 1.26+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: python pridict2_pegRNA_design.py single --help; python pridict2_pegRNA_design.py batch --help
Web: PRIDICT2 web interface at https://pridict.it/

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the insta

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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