bio-data-visualization-genome-tracks

Name: bio-data-visualization-genome-tracks
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Build genome-browser-style multi-track figures with pyGenomeTracks (config-driven), Gviz (R), and IGV batch screenshotting. Covers BigWig coverage tracks, BED/peak overlays, gene-model rendering, Hi-C matrix tracks, BedPE link arcs, spike-in-aware normalization, and the bamCoverage --normalizeUsing trap. Use when producing publication figures of genomic loci with stacked aligned tracks (coverage,

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Version Compatibility

Reference examples tested with: pyGenomeTracks 3.9+, Gviz 1.46+ (Bioconductor), deepTools 3.5+, GenomicRanges 1.54+, IGV 2.18+ (batch mode).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function)
R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name
CLI: <tool> --version then <tool> --help

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package

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