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bio-data-visualization-lollipop-protein-maps

Dados e Análise Autor: bg-szy

Plot per-gene mutation distributions on a protein-domain map (lollipop / needle plots) showing mutation position, recurrence count, and variant classification with maftools, g3-lollipop, trackViewer, and ProteinPaint. Use when visualizing recurrent mutation hotspots on a single gene's protein, marking domain boundaries from UniProt/Pfam, comparing missense vs truncating distributions, or contrasti

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: maftools 2.18+, trackViewer 1.38+, g3-lollipop (JavaScript via R g3viz 1.2+), Bio.PDB 1.83+ (for domain coordinates). ProteinPaint is a hosted service.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name
  • Python: pip show <package> then help(module.function)

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package a

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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