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bio-data-visualization-manhattan-qq-locuszoom

Dados e Análise Autor: bg-szy

Build Manhattan, Miami, QQ, and locuszoom-style regional plots from GWAS, TWAS, PWAS, and QTL summary statistics with correct genomic-inflation diagnostics, multi-trait overlays, lead-SNP labeling, and LD-aware regional rendering. Use when visualizing association results across the genome, comparing two traits, computing genomic inflation lambda, or zooming into a locus with LD coloring.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Reference examples tested with: qqman 0.1.9 (R), CMplot 4.5+ (R), matplotlib 3.8+, pandas 2.2+, scipy 1.12+, plinkQC 0.3+. For locuszoom-style: locuszoomr 0.3+ (R) or pyranges + matplotlib.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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