bio-data-visualization-network-visualization

Name: bio-data-visualization-network-visualization
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Visualize biological networks (PPI, gene-regulatory, co-expression, pathway) with layout algorithm choice (ForceAtlas2, Fruchterman-Reingold, Kamada-Kawai, hive plots), edge bundling, community-based coloring, and reproducible seeds using NetworkX, PyVis, igraph, and Cytoscape automation. Use when rendering biological networks for static publication, interactive HTML exploration, or Cytoscape-form

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Reference examples tested with: networkx 3.2+, igraph 0.10+ (Python and R), pyvis 0.3+, py4cytoscape 1.9+, matplotlib 3.8+, datashader 0.16+ (for large-graph rasterization).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed p

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