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bio-data-visualization-oncoprint-mutation-matrices

Dados e Análise Autor: bg-szy

Build OncoPrint and co-mutation matrix plots from somatic-variant cohorts using ComplexHeatmap, maftools, and comut.py with alteration-type stacking, sample ordering by mutational burden, mutual-exclusivity overlays, and clinical annotation tracks. Use when visualizing per-sample mutation patterns across recurrent driver genes, comparing alteration classes, or identifying mutually-exclusive / co-o

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Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Reference examples tested with: ComplexHeatmap 2.18+, maftools 2.18+, comut 0.0.3+, MAFtools requires R 4.0+; comut.py requires pandas 2.0+, matplotlib 3.8+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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