bio-data-visualization-sequence-logos

Name: bio-data-visualization-sequence-logos
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Build sequence logos from aligned DNA, RNA, or protein motifs using ggseqlogo (R), Logomaker (Python), or WebLogo with explicit bits vs probability encoding, background-frequency correction, custom alphabets, and multi-logo stacking. Use when visualizing motif PWMs (TF binding, splice sites, CRISPR spacers), aligned-position composition, or comparing two motif sets.

2estrelas

Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Version Compatibility

Reference examples tested with: ggseqlogo 0.2 (CRAN; per Wagih 2017), Logomaker 0.8+ (Python), WebLogo 3.7+ (CLI), Biopython 1.83+ (motif parsing), MEME suite 5.5+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package an

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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