bio-data-visualization-upset-plots

Name: bio-data-visualization-upset-plots
Rating: 5 (2 reviews)
Author: bg-szy

Build UpSet plots to visualize set intersections beyond 4 sets (where Venn fails) using ComplexUpset (modern, ggplot2-grammar) or the unmaintained UpSetR, with explicit cardinality vs degree sorting, attribute panels, and query highlighting. Use when comparing overlap across many gene sets, peak sets, variant lists, or any set membership matrix where Venn diagrams become illegible.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: ComplexUpset 1.3+ (R, Krassowski), UpSetR 1.4.0 (last 2019 release; effectively unmaintained), upsetplot 0.9+ (Python).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name
Python: pip show <package> then help(module.function)

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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