bio-data-visualization-volcano-and-ma-plots

Name: bio-data-visualization-volcano-and-ma-plots
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Build volcano and MA plots from differential-expression / association results with LFC shrinkage, FDR-adjusted thresholds, sensible label placement, and axis-truncation conventions. Covers EnhancedVolcano, ggplot2, matplotlib, and the apeglm/ashr/normal shrinkage decision. Use when visualizing differential-expression results (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, proteomics) or any per-feature effect-size

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Reference examples tested with: DESeq2 1.42+, EnhancedVolcano 1.20+, ggplot2 3.5+, ggrepel 0.9.5+, matplotlib 3.8+, numpy 1.26+, adjustText 1.1+, apeglm 1.28+, ashr 2.2+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspe

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