bio-differential-expression-batch-correction

Name: bio-differential-expression-batch-correction
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Remove batch effects from RNA-seq data using ComBat, ComBat-Seq, limma removeBatchEffect, and SVA for unknown batch variables. Use when correcting batch effects in expression data.

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: DESeq2 1.42+, ggplot2 3.5+, limma 3.58+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Batch Effect Correction

ComBat-Seq (Count Data)

Goal: Remove

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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