bio-differential-expression-de-results

Name: bio-differential-expression-de-results
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Extracts, filters, annotates, and exports differential expression results from DESeq2 or edgeR with proper handling of padj=NA (independent filtering, Cook's outliers, all-zero), multiple-testing correction choice (BH vs Storey q-value vs IHW vs lfsr), TREAT vs post-hoc fold-change filtering, p-value histogram diagnostics, gene annotation via org.db/biomaRt/mygene, GSEA preranked input, ORA backgr

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Reference examples tested with: DESeq2 1.42+, edgeR 4.0+, IHW 1.34+, qvalue 2.34+, ashr 2.2+, AnnotationDbi 1.66+, org.Hs.eg.db 3.18+, biomaRt 2.58+, mygene 1.38+ (Python), dplyr 1.1+, openxlsx 4.2+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

If code throws ImportError, AttributeE

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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