bio-differential-expression-edger-basics

Name: bio-differential-expression-edger-basics
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Performs differential expression on bulk RNA-seq count data with edgeR's negative-binomial GLM and quasi-likelihood F-test framework. Covers DGEList construction, filterByExpr, TMM/TMMwsp normalization, robust dispersion estimation, glmQLFit/glmQLFTest, TREAT for magnitude-bounded hypotheses, contrasts via no-intercept designs, voom and voomWithQualityWeights for heterogeneous samples, and the edg

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Version Compatibility

Reference examples tested with: edgeR 4.0+, limma 3.58+, statmod 1.5+ (for voom internals), tximport 1.30+ (for catchSalmon path)

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

edgeR Basics

**"Find dif

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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