bio-differential-expression-timeseries-de

Name: bio-differential-expression-timeseries-de
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Analyzes time-series and longitudinal RNA-seq for differential expression and trajectory structure. Covers DESeq2 LRT with reduced models, time as factor vs continuous vs natural splines, maSigPro (Nueda 2014 for RNA-seq), ImpulseDE2 with explicit impulse-model failure modes, DREAM for repeated measures via linear mixed models, pseudoreplication avoidance, conditional vs marginal modeling, and tra

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#ai #git

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Reference examples tested with: DESeq2 1.42+, edgeR 4.0+, limma 3.58+, splines (base R), maSigPro 1.74+, ImpulseDE2 1.10+ (Bioconductor archive; verify availability), variancePartition / dream 1.32+, Mfuzz 2.62+, TCseq 1.26+, ggplot2 3.5+, pheatmap 1.0+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, intro

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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