bio-ecological-genomics-species-delimitation

Name: bio-ecological-genomics-species-delimitation
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Delimits putative species boundaries from molecular data within the de Queiroz 2007 unified-lineage framework using ASAP (Puillandre 2021 successor to ABGD), mPTP C++ (Kapli 2017 successor to bPTP; bPTP is Python NOT R), GMYC single/multi-threshold (Pons 2006; Fujisawa 2013), multilocus BPP v4 with prior calibration from data (NOT defaults; Yang 2015), SNAPP + BFD* for SNP delimitation, DELINEATE

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Version Compatibility

Reference examples tested with: ASAP (current CLI), mPTP (current C++), bPTP (Python from github.com/zhangjiajie/PTP), splits 1.0+ for GMYC, BPP 4.7+, SNAPP/BEAST 2.7+, DELINEATE (current Python), Dsuite 0.5+, ape 5.7+, fossil 0.4+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
CLI:

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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