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bio-epidemiological-genomics-pathogen-typing

DevOps e Infra Autor: bg-szy

Assigns isolate identity at the right resolution for the question -- ANI / Mash species triage, 7-locus MLST historical comparability, cgMLST / wgMLST outbreak resolution (chewBBACA, BIGSdb, Ridom SeqSphere, EnteroBase HierCC), in-silico serotyping (SISTR, SeqSero2 for Salmonella; SerotypeFinder for E. coli; Kaptive K/O for Klebsiella; SeroBA for pneumococcus; spa + SCCmec for S. aureus), and line

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Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: mlst 2.23+, chewBBACA 3.3+, SISTR 1.1+, SeqSero2 1.3+, SerotypeFinder 2.0+, Kleborate 3.0+, Kaptive 3.0+, SeroBA 1.0+, PopPUNK 2.7+, pangolin 4.3+ (pangolin-data 1.30+), nextclade 3.8+, tb-profiler 6.2+, mykrobe 0.13+, mash 2.3+, skani 0.2+, snippy 4.6+, snp-dists 0.8+, pandas 2.2+, BioPython 1.84+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function)

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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