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bio-epidemiological-genomics-phylodynamics

Design e Frontend Autor: bg-szy

Construct time-scaled phylogenies and infer evolutionary dynamics using TreeTime and BEAST2 for outbreak analysis. Estimate divergence times, molecular clock rates, and ancestral states. Use when dating outbreak origins, estimating transmission rates, or building time-calibrated trees.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: BioPython 1.83+, TreeTime 0.11+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Phylody

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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