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bio-epidemiological-genomics-phylodynamics

Pesquisa e Web Autor: bg-szy

Estimates time-scaled phylogenies, molecular clock rates, effective reproduction number R_e (or R_t), and population dynamics from dated pathogen genomes using TreeTime (maximum-likelihood) and BEAST2 (Bayesian; strict / uncorrelated lognormal / ORC clocks; constant / exponential / Bayesian Skyline / Skygrid / BICEPS / Birth-Death-Skyline / sampled-ancestor BDSKY priors; structured coalescent via

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Atualizado há 4 meses
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Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • BEAST: beast -version; `packagemanager

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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