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bio-epidemiological-genomics-variant-surveillance

Design e Frontend Autor: bg-szy

Assigns pathogen lineages (SARS-CoV-2 Pangolin via UShER mode; Nextclade clade + QC; pango-designation alias_key.json resolution) and tracks variant frequencies over time using Nextstrain (Augur + Auspice), wastewater deconvolution (Freyja, COJAC, alcov, lineagespot), lineage fitness modelling (Wenseleers / Bedford-Figgins multinomial logistic), and recombinant detection (3SEQ, RDP4, Bolotie). Cov

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Atualizado há 4 meses
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Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • pangolin --all-versions -- prints pangolin + pangolin-data + scorpio + constellations ver

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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