bio-epitranscriptomics-m6a-differential

Name: bio-epitranscriptomics-m6a-differential
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Identifies differential m6A methylation between conditions from MeRIP-seq paired IP/input data using exomePeak2 with `bam_ip` + `bam_input` (control arm) and `bam_treated_ip` + `bam_treated_input` (treatment arm) for integrated GC-bias-aware differential calling (Liu 2022 *NAR Genom Bioinform* 4:lqac046), QNB beta-binomial test (Liu 2017 *BMC Bioinformatics* 18:387), MeTDiff HMM-based differential

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: exomePeak2 1.14+ (Bioconductor 3.18+), QNB 1.1.11 (GitHub lzcyzm/QNB), MeTDiff (GitHub, bundled with MeTPeak), RADAR 0.2.4+ (GitHub scottzijiezhang/RADAR), DESeq2 1.42+, edgeR 4.0+, GenomicFeatures 1.54+, ggplot2 3.5+, GenomicAlignments 1.38+, Rsubread 2.16+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('exomePeak2') then ?exomePeak2 to verify parameters
R: `packageVersion

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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