bio-epitranscriptomics-m6anet-analysis

Name: bio-epitranscriptomics-m6anet-analysis
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Detects m6A modifications from Oxford Nanopore direct-RNA-sequencing (ONT DRS) signal data using m6Anet (Hendra 2022 *Nat Methods* 19:1590; multiple-instance-learning neural network over DRACH 5-mer signal). Covers the required upstream pipeline (Dorado / Guppy basecalling -> minimap2 transcriptome alignment with `-ax map-ont -uf -k14 --secondary=no` -> nanopolish eventalign with `--scale-events -

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Reference examples tested with: m6anet 2.1+ (PyPI; project capitalisation m6Anet), nanopolish 0.14+, minimap2 2.26+, samtools 1.19+, Dorado 0.5+, xpore 2.1+, nanocompore 1.0.4+, ELIGOS 2 (GitHub novoalab/Eligos2), CHEUI (GitHub comprna/CHEUI), pandas 2.2+, pyranges 0.0.129+, pysam 0.22+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show m6anet then m6anet --help, m6anet dataprep --help, `m6anet inference --h

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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